| 📰 Title: | Avogadro | 🕹️ / 🛠️ Type: | Game |
|---|---|---|---|
| 🗃️ Genre: | Puzzle | 👁️ Visual: | 3D |
| 🏷️ Category: | Puzzle ➤ E-learning ➤ Physics & Chemistry | 🏝️ Perspective: | Third person |
| 🔖 Tags: | Puzzle; E-learning; Chemistry; Plugins system; Flagship | ⏱️ Pacing: | Real Time |
| 🐣️ Approx. start: | 👫️ Played: | Single | |
| 🐓️ Latest: | 2018-09-14 | 🚦 Status: | 05. Tested & Working (status) |
| 📍️ Version: | Latest: 💥️ 1.91.0➜1.99.0 / Dev: b89b96c | ❤️ Like it: | 1. 🙏️⭐⭐⭐⭐⭐ (fantastic) |
| 🏛️ License type: | 🕊️ Libre | 🎀️ Quality: | 1. 🏆️⭐⭐⭐⭐⭐ (perfect) |
| 🏛️ License: | BSD 3-Clause | ✨️ (temporary): | |
| 🐛️ Created: | 2019-03-12 | 🐜️ Updated: | 2024-07-01 |
| 📦️ Package name: | avogadro, avogadro-data | ..... 📦️ Arch: |  |
|---|---|---|---|
| 📄️ Source: | |
..... 📦️ RPM: | |
| ⚙️ Generic binary: | ..... 📦️ Deb: | |
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| 🌍️ Browser version: | ..... 📦️ AppImage: | |
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| 📱️ PDA support: | ..... 📦️ Flatpak: | |
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| ✨️ Not use: | ..... 📦️ Snap: |
| 📰 What's new?: | 👻️ Temporary: | ||
|---|---|---|---|
| 💡 Lights on: | 🎨️ Significant improvement: | ||
| 👔️ Already shown: | 💭️ New version published (to be updated): | ||
| 🎖️ This work: |  |
🚧️ Some work remains to be done: | |
| 👫️ Contrib.: | goupildb & Louis | 🦺️ Work in progress: | |
| 🎰️ ID: | 15562 |
| 📜️[en]: | A libre and multi-platform molecular builder and visualization tool that is part of a software suite called Open Chemistry project. It can visualize properties such as molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecule builder. It can be used by end-users of the chemical industry and education. It can be extended with C ++ plugins or Python scripts, and integrates with online databases. An intuitive and ergonomic tool. Excellent. | 📜️[fr]: | Un outil libre et multi-plateforme de modélisation et d'imagerie moléculaire faisant partie d'une suite logicielle dénommée Open Chemistry. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif. Il se destine aux utilisateurs finaux de l'industrie chimique et de l'enseignement. Il peut être étendu avec des plugins C ++ ou des scripts Python, et s'intègre aux bases de données en ligne. Un outil intuitif et ergonomique. Excellent. |
|---|
🦉️ From Devs: (201311),
🕯️ How To: 💥️ (202102), 💥️ (202309), 💥️ (202106),
🏡️ Website & videos
[Homepage] [Dev site] [Features/About 1 2] [Screenshots] [Videos t(202xxx) gd(201311) gu(202xxx) r(202xxx) lp(202xxx) ht(202102) ht(202309) ht(202106) ht(202108) ht(202102) ht(201808) ht(201903) ht(201312) ht(201308) ht(201512) ht(201310) ht(201711) g(202xxx) g[fr](202xxx) g[de](202xxx) g[ru](202xxx) g[pl](202xxx) g[cz](202xxx) g[sp](202xxx) ht[pt] g[it](202xxx) g[tr](202xxx)] [WIKI] [FAQ] [RSS] [Changelog 1 2 3]
💰 Commercial
• (empty)
🍩️ Resources
• Avogadro 1: [Avogadro 1] [Dev site (GitHub : Eigen 3 compatible) (SourceForge : not compatible with Eigen 3]
(Latest : 1.2.0, 20160608. This version on GitHub compiles well and quickly under Linux: tested.)
🛠️ Technical informations
[Open Hub] [PCGamingWiki] [MobyGames] [Open Chemistry (Building Avogadro 2 and Open Chemistry)] [KitwareBlog (Avogadro 2 and Open Chemistry)]
🦣️ Social
Devs (Open Chemistry project [fr] [en]): [Site 1 2] [Chat] [mastodon] [PeerTube] [YouTube] [PressKit] [Interview 1(202xxx) 2(202xxx)]
Devs (Kitware [fr] [en]): [Site 1 2] [Chat] [mastodon] [Facebook] [PeerTube] [YouTube] [PressKit] [Linkedin] [Interview 1(202xxx) 2(202xxx)]
The Project: [Blog] [Chat] [Forums] [mastodon] [Facebook] [PeerTube] [YouTube] [PressKit] [reddit]
🐝️ Related
[Wikipedia (Avogadro) [fr] [en] [de]]
📦️ Misc. repositories
[Repology] [pkgs.org] [Generic binary] [Arch Linux / AUR 1 2] [openSUSE] [Debian/Ubuntu] [Flatpak] [AppImage(author's repo)] [Snap] [PortableLinuxGames]
🕵️ Reviews
[HowLongToBeat] [metacritic] [OpenCritic] [iGDB]
📰 News / Source of this Entry (SotE) / News (SotN)
🕊️ Source of this Entry: [Site (date)]
🦣️ Social Networking Update (on mastodon)
🕹️ Title: Avogadro
🦊️ What's: A libre molecular builder & visualization tool
🏡️ https://www.openchemistry.org/projects/avogadro2/
🐣️ https://github.com/OpenChemistry
🔖 #LinuxGaming #ShareYourGames #Flagship #ELearning #Chemistry
📦️ #Libre #Arch #RPM #Deb #Flatpak #AppIm
📖 Our entry: (homeless)
🥁️ Update: 1.91.0➜1.99.0
⚗️ Major release (Stable) 🍎️
📌️ Changes: https://github.com/OpenChemistry/avogadroapp/releases
🦣️ From: 🛜️ https://github.com/OpenChemistry/avogadroapp/releases.atom
🕯️https://www.youtube.com/embed/?list=PLzSoIVVxSY_8dREFvPcK5EyGQ3lyHoG_E
🕯️https://www.youtube.com/embed/DPoE3gMTIt8
🕯️https://www.youtube.com/embed/?list=PLJIwRG-f5Gjd95jUG4cGjfSxs2gQfQAza
🕶️ A view of its UI, with the main menus at the top, the parameter area for the molecule to be modeled on the left, and the 3D model of the molecule on the main right, where the user can position atoms and bonds and navigate around them.
📚️ Avogadro is a libre and multi-platform molecular builder and visualization tool that is part of a software suite called Open Chemistry project. It can visualize properties such as molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecule builder. It can be used by end-users of the chemical industry and education. It can be extended with C ++ plugins or Python scripts, and integrates with online databases. An intuitive and ergonomic tool. Excellent.
📜️ "A libre molecular builder & visualization tool" 📜️
The Open Chemistry project offers a suite of permissively licensed multi-platform tools that provide reusable libraries and end-user applications for computational chemistry, materials science, and related areas.
Kitware offers services to help you best leverage the Open Chemistry suite. Discover how we can work together to advance your research.
• Avogadro 2 is a versatile desktop application for editing and visualizing molecular data. It is multi-platform, and can be extended with C++ plugins, or Python scripts. Support for a number of computational chemistry codes is offered, and integration with online databases.
• MoleQueue provides desktop integration of high-performance computing (HPC) resources, along with local execution of standalone code. It is a small, Qt-based, system-tray resident application that makes computing resources easier to access from graphical applications.
• Tomviz offers a desktop application for the processing, visualization, and analysis of 3D tomographic data. The full pipeline of data processing steps from alignment and reconstruction right through to analysis and segmentation of the 3D data can be presented, saved, and restored.
Avogadro 2
Introduction
Avogadro is an advanced molecular editor designed for multi-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible rendering and a powerful plugin architecture. The code in this repository is a rewrite of Avogadro with source code split across a libraries repository and an application repository.
Core features and goals of the Avogadro project:
• Open source distributed under the liberal 3-clause BSD license
• Cross platform with nightly builds on Linux, Mac OS X and Windows
• Intuitive interface designed to be useful to whole community
• Fast and efficient embracing the latest technologies
• Extensible, making extensive use of a plugin architecture
• Flexible supporting a range of chemical data formats and packages
Avogadro 2 is being developed as part of the [Open Chemistry] project at [Kitware], along with companion tools and libraries to support the work.
Debian:
Molecular Graphics and Modelling System
Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.
Features include:
• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting
File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.
Wikipedia:
Avogadro is a molecule editor and visualizer designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It is extensible via a plugin architecture.
Features
• Molecule builder-editor for Windows, Linux, Unix, and macOS.
• All source code is licensed under the GNU General Public License (GPL) version 2.
• Supported languages include: Chinese, English, French, German, Italian, Russian, Spanish, and Polish.
• Supports multi-threaded rendering and computation.
• Plugin architecture for developers, including rendering, interactive tools, commands, and Python scripts.
• OpenBabel import of files, input generation for multiple computational chemistry packages, X-ray crystallography, and biomolecules.
Un outil de modélisation et d'imagerie moléculaire, par le studio Kitware, dans un projet plus global dénommé l'Open Chemistry project.
Avogadro est un outil libre et multi-plateforme de modélisation et d'imagerie moléculaire faisant partie d'une suite logicielle dénommée Open Chemistry. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif. Il se destine aux utilisateurs finaux de l'industrie chimique et de l'enseignement. Il peut être étendu avec des plugins C ++ ou des scripts Python, et s'intègre aux bases de données en ligne. Un outil intuitif et ergonomique. Excellent.
Le projet Open Chemistry offre une suite d’outils multi-plateformes sous licence permissive qui fournissent des bibliothèques réutilisables et des applications pour utilisateurs finaux pour la chimie informatique, la science des matériaux et les domaines connexes.
Kitware propose des services pour vous aider à tirer le meilleur parti de la suite Open Chemistry. Découvrez comment nous pouvons travailler ensemble pour faire avancer vos recherches.
• Avogadro 2 est une application de bureau polyvalente permettant d’éditer et de visualiser des données moléculaires. Il est multi-plateforme et peut être étendu avec des plugins C ++ ou des scripts Python. La prise en charge d'un certain nombre de codes de chimie computationnelle est proposée, ainsi que l'intégration aux bases de données en ligne.
• MoleQueue permet l'intégration de ressources de calcul haute performance (HPC) sur le bureau, ainsi que l'exécution locale de code autonome. Il s’agit d’une petite application résidente basée sur Qt et résidant dans la barre système, qui facilite l’accès aux ressources informatiques à partir d’applications graphiques.
• Tomviz propose une application de bureau pour le traitement, la visualisation et l'analyse de données tomographiques 3D. L'ensemble des étapes de traitement des données, depuis l'alignement et la reconstruction jusqu'à l'analyse et la segmentation des données 3D, peut être présenté, enregistré et restauré.
Avogadro 2
Introduction
Avogadro est un éditeur moléculaire avancé conçu pour une utilisation multi-plateforme dans les domaines de la chimie informatique, de la modélisation moléculaire, de la bio-informatique, de la science des matériaux et de domaines connexes. Il offre un rendu flexible et une architecture de plugin puissante. Le code de ce référentiel est une réécriture d’Avogadro avec un code source divisé en un référentiel de bibliothèques et un référentiel d’applications.
Caractéristiques principales et objectifs du projet Avogadro:

• Open source distribué sous la licence libre 3-clause BSD
• multi-plateforme avec des compilations nocturnes sur Linux, Mac OS X et Windows
• Interface intuitive conçue pour être utile à toute la communauté
• Rapide et efficace, intégrant les dernières technologies
• Extensible, faisant largement appel à une architecture de plugin
• Flexible prenant en charge une gamme de formats et de packages de données chimiques
Avogadro 2 est en cours de développement dans le cadre du projet [Open Chemistry] du studio [Kitware], accompagné d'outils et de bibliothèques associés au projet.
Debian:
Système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
• modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs de force automatique ;
• mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de conformation ;
• visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
• visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
• gestion des cellules cristallographiques ;
• création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS et MOLPRO ;
• architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS et MOLPRO.
Wikipedia:
Avogadro est un éditeur de molécule multi-plateforme extensible (grâce à des plugins) et libre, utilisé pour la chimie numérique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux et les domaines proches.
Caractéristiques
• Éditeur de molécules pour Windows, Linux et Mac OS X.
• Code source disponible sous Licence publique générale GNU.
• Existe en anglais, chinois, allemand, italien, russe et espagnol.
• De multiples plugins existent notamment pour le rendu, les outils interactifs et des scripts Python.
• Peut importer des fichiers OpenBabel.
⚙️ Installation à partir du binaire
📦️ Installation à partir du/des paquet(s) Manjaro/Arch :
• Il(s) est/sont dans les dépôts Manjaro/Arch, il suffit d'installer le(s) paquet(s).
📦️ Installation à partir du paquet Debian/Ubuntu :
• Il(s) est/sont dans les dépôts Debian/Ubuntu, il suffit d'installer le(s) paquet(s).
📦️ Installation (méthode alternative) à partir du binaire au format AppImage :
• Un binaire au format AppImage est disponible. Après l'avoir rendu exécutable (clic droit sous votre gestionnaire de fichier), il pourra être exécuté d'un seul clic sur son livrable.
💡Nota :
• Si vous avez installé au préalable l'utilitaire [AppImageLauncher] (en dépôt Arch/Manjaro, très simple et convivial), celui-ci permettra lors du clic sur un AppImage de l'exécuter ou l'installer dans un répertoire depuis lequel il deviendra visible par vos lanceurs habituels.
• [The Linux Experiment] compare les différents formats (Snaps vs Flatpaks vs Appimages) en novembre 2023.
📄️ Installation à partir du source
• Si vous souhaitez quelque-chose de très récent (versions de développement) et/ou qu'il n'y a pas de binaire disponible pour votre distribution/architecture (32/64-bits), la compilation du source est une bonne idée, voir un passage obligé.
💡 Nota : Avogadro 1 est à présent abandonné au profit d'Avogadro 2, donc je ne décris ici que la compilation d'Avogadro 2
🦺️ Instructions de compilation de l'auteur : [Installation instructions]
▸ Installation des dépendances (en dépôt) :
• Installez au préalable le(s) paquet(s) suivant(s) :
- pour Arch/Manjaro :
⚬ Obligatoire : eigen openbabel sip doxygen python-cclib zlib libxml2 rapidjson qt5-base qt5-declarative qt5-svg (pas de qt5-gui, ni de qt5-concurrent en dépôts)
⚬ Optionnel : python-openbabel docbook-utils
- pour Debian :
⚬ Obligatoire : libeigen3-dev libopenbabel-dev sip-dev doxygen curl build-essential qtbase5-dev qtdeclarative5-dev zlib1g-dev libxml2-dev git libqt5svg5-dev libqt5gui5 libqt5concurrent5 rapidjson
⚬ Optionnel : openbabel openbabel-gui python-openbabel viewmol v-sim-plugins docbook-utils
▸ Téléchargement du source (sur GitHub) :
☝️ Nota : Évitez le téléchargement du source via les liens https, car ils ne fournissent pas les dépendances
• Version stable, dans le répertoire souhaité, lancez : $ git clone -b "Nom_de_la_release" --recursive https://github.com/openchemistry/avogadroapp
(Nom_de_la_release : à remplacer par le nom d'une release valide indiquée sur la page de développement : sur GitHub, dans la section Release, le nom valide est l'étiquette située à gauche du titre, ou cliquez sur "Tags" pour obtenir la liste des étiquettes valides).
• ou Version récente (non stable), dans le répertoire souhaité, lancez : $ git clone --recursive https://github.com/openchemistry/avogadroapp
▸ Compilation :
• Dans son répertoire racine lancez successivement :
$ cmake -S . -B build/
$ cd build/
$ make -j$(nproc)
↪ le(s) binaire(s) issu(s) de la compilation se trouve(nt) dans le répertoire build/
• Copiez ce(s) binaire(s) dans le répertoire racine afin qu'il(s) trouve(nt) ses/leurs éventuelles données.
🚀️ LANCEMENT DE L'INTERFACE:
▸ Classique :
• Si vous l'avez installé à partir d'un paquet / dans l'un des répertoires système : [Alt+F2] avogadro2 ou $ avogadro2
• Sinon, rendez son binaire exécutable (clic droit sous votre gestionnaire de fichier) et cliquez dessus, ou dans son répertoire racine lancez : $ ./build/bin/avogadro2
• 📜️ Préambule :
⚬ 1ere édition : le Debian sous Manjaro. Par : goupildb. ⏱️ Durée du test : ? minutes. 🎯️ Objectif : Initialisation de l'entrée, tests et premières impressions.
⚬ Mise à jour : le 9 Juin 2021 sous Manjaro. Par : goupildb. ⏱️ Durée du test : 15 minutes. 🎯️ Objectif : Mise à jour de son fonctionnement/évolution, et prise d'une copie d'écran
⚪️ Avogadro 2 est une ré-écriture (plus propre) incorporant les fonctionnalités d'Avogadro 1 (qui est à présent abandonné).
• 🫕️ Installation :
▸ (✔ Avogadro 2 v.1.99, Avogadro 2 v.1.91, Avogadro 1 v.1.2.0) Source : FONCTIONNEL.
🟢️ Le source d'Avogadro se compile facilement et fonctionne bien,
🔴️ (Compilation sous Manjaro, Avogadro 2 v.1.99) : Le changement de couleur de fond de la zone d'affichage (menu "View" puis "Set Background Color") fait planter l'application.
▸ (✔ Avogadro 1 v.1.2.0) Paquet Debian : FONCTIONNEL.
▸ (✔ Avogadro 2 v.1.99) Paquet Arch/AUR : FONCTIONNEL.
🔴️ (Paquet Manjaro AUR, donc compilé, Avogadro 2 v.1.99) : Le changement de couleur de fond de la zone d'affichage à droite (menu "View" puis "Set Background Color") fait planter l'application.
▸ (✔ Avogadro 2 v.1.99) Paquet AppImage : FONCTIONNEL.
🟢️ (Paquet AppImage, Avogadro 2 v.1.99) Le changement de couleur de fond de la zone d'affichage (menu "View" puis "Set Background Color") fonctionne. Il est vraisemblable que ce conteneur contienne une dépendance nécessaire non installée sur mon PC.
🟢️ Il est très facile à installer et à lancer grâce à ses différents types de livrables disponibles.
• 🏗️ Réalisation :
‣ 📟️ Interface
🟢️ Une interface magnifique, de très grande qualité, mature, dynamique (réaction de l'interface au survol de la souris), ergonomique, très bien expliquée (aide omniprésente dès le démarrage et bulles d'aides),
• 👾️ Gameplay / Usage / Contenu :
‣ ⛳️ Objectif / Thème
⚪️ C'est un outil de modélisation et d'imagerie moléculaire faisant partie d'une suite logicielle dénommée Open Chemistry. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif. Il se destine aux utilisateurs finaux de l'industrie chimique et de l'enseignement.
• 🧪️ Tests effectués :
‣ 🧫️ Conditions du test :
⚪️ Pour la copie d'écran j'ai tenté de reproduire la molécule NaClO3.
‣ 🎲️ Résultat des tests :
🟢️ On sélectionne une molécule dans un menu déroulant, et elle s'affiche avec les liaisons simple ou double de manière automatique. Si celles du menu déroulant ne suffisent pas, en bas de ce même déroulant une option "Other..." affiche un tableau périodique des éléments permettant d'obtenir les autres.
🟢️ On peut disposer différentes molécules puis naviguer (zoom, rotations dans l'espace, étirer les liaisons, ...).
🟢️ Les possibilités sont énormes (chargement et sauvegarde de molécules dans toutes sortes de formats, import, ...) mais je n'ai clairement pas le niveau pour faire autre chose que de m'amuser à dessiner des molécules à partir d'atomes et les observer dans l'espace.
• 🧭️ Conclusion :
🕵️ Impression globale : 👍️
❤️ Like it: 🙏️⭐⭐⭐⭐⭐ (fantastic)
🎀️ Quality: 🏆️⭐⭐⭐⭐⭐ (perfect)
🟢️ Le plus simple pour son installation est d'utiliser l'AppImage (130Mo, pas de soucis de dépendances absentes - tout est livré).
🟢️ L'outil parfait pour se représenter / visualiser des molécules (au lieu des traditionnels boules en plastique qui s'emboîtent). Mais çà, ça n'est qu'un volet des possibilités de l'outil (je n'ai pas les compétences pour tester le reste).
👏️ ❤️ Un grand bravo et merci à ses auteurs !